Hola de nuevo:
¿Cómo usas visibility:hidden? Estarías obligado a usar un elemento extra para ocultarlo, ya que el propio enlace no lo puedes ocultar. Lo bueno que tiene text-indent es que ocultas el texto de esa etiqueta, no la propia etiqueta. Supongo que sí puedes darle un valor en porcentaje sin problemas.
Y no sé por qué te puede decir esos errores raros los validadores. Asegúrate de que las etiquetas son las estándares y contienen todos los atributos obligatorios con sus valores, y están bien cerradas.