Buenas yo tengo tengo un problema parecido. cuando hago un enlace a un ancla, éste no se ejecuta en FF, si en IE.
¿hay algún problema con las anclas en FF?
ejemplo:
defino el ancla: <a name="nombre"></a>
luego en la misma página: <a href="#nombre"></a>
¿debería añadir $_SERVER['PHP_SELF'] en el enlace?