Tu problema radica en que estas trabajando con una consulta vieja, tienes que actualizar la consulta despues de la insercion, para poder verificar que la primera insercion es = 1, tomemos algo de logica:
Aqui seleccionamos todo de nuestra tabla donde el codigo sea el del alumno y la fecha el dia de hoy:
Código PHP:
$consulta_entrada="select * from asistencia_alumno where cod_alumno='$codigo' and dia='$fecha_hoy'";
$res=mssql_query($consulta_entrada,$conexion);
Despues, guardamos el resultado del fetch y comprobamos si esta vacio:
Código PHP:
$row_res=mssql_fetch_array($res);
if(empty($row_res['numero_entrada'])){
.
.
.
En caso de estar vacio, insertamos los valores adecuados en la tabla indicandole un valor "1" que supongo va en el campo numero_entrada(Espero no estar equivocado):
Código PHP:
$c="insert into asistencia_alumno values('".$row['cod_alumno']."','".$row['ap_paterno']."','".$row['ap_materno']."','".$row['nombres_alumno']."','$fecha_hoy','$time','','1','P')";
$resultinsert=mssql_query($c,$conexion) or die("No se realizo la inserccion de asistencia del alumno");
if($row_res['numero_entrada']=="1"){
.
.
.
Despues comprobamos que el numero_entrada sea igual a 1, pero si revisas la logica, tendrias que volver a hacer el mysql_fetch_array, ya que con el que compruebas en este ultimo if, es con el fetch incial, el cual estaba completamente vacio, pienso que deberia de quedar algo asi:
Código PHP:
$c="insert into asistencia_alumno values('".$row['cod_alumno']."','".$row['ap_paterno']."','".$row['ap_materno']."','".$row['nombres_alumno']."','$fecha_hoy','$time','','1','P')";
$resultinsert=mssql_query($c,$conexion) or die("No se realizo la inserccion de asistencia del alumno");
$row_res=mssql_fetch_array($resultinsert);
if($row_res['numero_entrada']=="1"){
.
.
.
y tambien creo que deberias de manejar el flujo de tu aplicacion de una manera disitnta, ya que al parecer estas haciendo muchas cosas en un solo lugar y no delegas las responsabilidades correspondientes.
Suerte.