intenta de esta forma:
Código PHP:
if($codigo!=""){
$fecha_hoy=gmdate("Y-m-j",time() + (3600 * (-5)) + $ajustesegundos);
$time=gmdate("h:i:s a",time() + (3600 * (-5)) + $ajustesegundos);
$query="select cod_alumno,nombres_alumno,ap_paterno,ap_materno from alumno where cod_alumno='$codigo'";
$result=mssql_query($query,$conexion) or die("No se realizo la seleccion de datos del Alumno");
$row=mssql_fetch_array($result);
//consulta esta de pagos debe o no debe
$query2="select cod_alumno, codigo_carrera, estado_pagos from matricula where cod_alumno='$codigo'";
$result2=mssql_query($query2,$conexion) or die("No se realizo la consulta de estado de alumno");
$row2=mssql_fetch_array($result2);
$consulta_entrada="select * from asistencia_alumno where cod_alumno='$codigo' and dia='$fecha_hoy'";
$res=mssql_query($consulta_entrada,$conexion);
$row_res=mssql_fetch_array($res);
$asistencia=$row_res['numero_entrada']+1;
$c="insert into asistencia_alumno values('".$row['cod_alumno']."','".$row['ap_paterno']."','".$row['ap_materno']."','".$row['nombres_alumno']."','$fecha_hoy','$time','','$asistencia','P')";
$resultinsert=mssql_query($c,$conexion) or die("No se realizo la inserccion de asistencia del alumno");