Problemas con PHP y MySQL

[Mort20]

No sé si te he entendido, pero codificar la contraseña des del PHP es tan fácil como usar la función md5(); u otras.
En todo caso, al fin y al cabo un algoritmo hash no es más que una "función" (realmente es una aplicación inyectiva, pero no viene al caso), así que si no te gusta el md5, puedes buscar otros implementados o implementar uno propio xD

Y si te he entendido, lo que te pasa es que lo tienes ya codificado en el MySQL y no puedes codificar igual en el PHP para la comparación, si es eso, ¿porqué no tratas de decodifcarlo en el MySQL mismo, leerlo en un script PHP, recodificar y subirlo actualizado a la BD? Todo esto, evidentemente, en un script aislado de la web, que no es plan de que te le puedan interceptar xDDD