Hola cmarti, cómo vas?? Tanto tiempo
Mira la verdad nunca he utilizado navicat (es de pago)... por lo qué quizás lo que te diga puede ser por pura ignorancia, pero quiero darte ideas.
Haz buscado bien si navicat te permite solo exportar la estructura de una DB?? Haz intentado hacer algo por consola? en vez de hacerlo con él?? Y la última idea (jejeje yo sé que no es la mejor), si tu DB no es muy pesada y extensa, puedes exportarla y montarla, y luego hacerle truncate a sus tablas


(Ya ya no me vayan a regañar

)
Solo he tirado ideas, para posibles soluciones, espero lo puedas solucionar...
Saludos