si se puede, pero tu base de datos db1 y db2 deberan estar en el mismo servidor que es con el cual configuraste la transformacion..
si requieres que esten diferente servidor, necesitaras un servidor ligado (linked server) e incluir el nombre del mismo en la consulta, p.e.
Código:
Select s.nombres
From DB1.dbo.cliente s
Where (Not EXISTS
(Select p.nombres
From MiServidorLigado.DB2.dbo.cliente p where p.nombres=s.nombres ))
Saludos!