Cita:
Iniciado por rj69 
ok, si estan en el mismo servidor, puedes hacer consultas de datos a tablas de distintas bases de datos, para esto debes en el from especificar donde esta el dato o la tabla
un ejemplo, tengo dos DB, y ambos tienen una tabla en comun "cliente" y supongamos que quiero compararlas para saber cual tiene mas clientes, para hacerlo deberia hacer algo asi
select count(*)
from DB1.dbo.cliente
select count(*)
from DB2.dbo.cliente
trate de darte un ejemplo sencillo, pero de esta forma puedes traer datos de distintas bases y consultarlas, a esto le puedes hacer los inner join, y todas las otras tonteras que nos sirven para trabajar, prueba primero con algun analizador de consulta, cuando lo tengas
create en el DTS las conecciones a ambas DB y podras hacer las mismas consultas... (creo,jejeje),
espero esto si te ayude.
Gracias rj69, la forma en que me dijiste de hacer los select es la correcta, pero en el dts no me funciona bien ocupando esta forma ya que me arroga un error de que la tarea no se puede ejecutar ya que tiene un conflicto con la conexion ya que la tarea solo soporta una conexion y no dos .
Select s.nombres
From DB1.dbo.cliente s
Where (Not EXISTS
(Select p.nombres
From DB2.dbo.cliente p where p.nombres=s.nombres ))