Creo que muchas dudas las podrás resolver en su página oficial:
http://prototypejs.org/
1.
Compatibilidades:
Cita: Browser Version(s)
Mozilla Firefox ≥ 1.5
Microsoft Internet Explorer ≥ 6.0
Apple Safari ≥ 2.0
Opera ≥ 9.25
2. Sí, perfectamente. Prototype no te impide nada, sólo aumenta funcionalidades. Si sobreescribes alguna función como $() dará problemas, pero mientras no te metas con sus funciones no pasa nada, el javascript nativo siempre se mantiene.
3. Hace más lenta la carga de tus páginas. Hace más lentos tus scripts si tú haces los scripts lentos. Si para recorrer un array abusas del
collect() en vez de hacer bucles normales sí, será más lento tu script. Se supone que prototype está optimizado para hacer las operaciones más rápidamente, pero eso no lo sé seguro.
4. Tienes que tener una base javascript, y luego echar mano de la
documentación para hacer algo. Debería ser todo más sencillo. Quiero decir, si quieres hacer por ejemplo un drag & drop sí es más cómodo usar prototype, por ejemplo. Si simplemente quieres hacer operaciones numéricas no merece la pena. Si quieres hacer algo mucho más avanzado que un drag & drop deberás controlar muy bien prototype y entender su código, eso es más complicado. En general es fácil sabiendo javascript.
5. ¿Quién usa prototype?
La web de la NASA, por ejemplo. Supongo que buscano encontrarías miles de sitios que usan prototype.
Como te dijo
eddwinpaz si vas a usar sólo efectos y no funciones del API "a pelo", es mejor que combines prototype+
scriptaculous (en su web ves ejemplos de quién las usa).
Saludos.