Para ese tipo de tareas existen las
herramientas de migración, de las que si usas MS SQL Server, alguna vez habrás oído hablar.
Puntualmente, MySQL tiene una herramienta de migración propietaria:
MySQL Migration Toolkit 1.1, incluida entre las GUI Tools que se pueden descargar de su
página oficial. Eso es lo que te recomiendo usar.
Cualquier otra forma, como por ejemplo generar un backup para exportación de bases con datos, desde las herramientas de MS SQL Server
puede no ser funcional a causa de algunas
diferencias entre las extensiones del SQL en el código entre los dos DBMS.