supongo que el formato del campo es TIME.
si lees el manual de mysql:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/time.html
Como cadena de caracteres sin delimitadores en formato 'HHMMSS', mientras que tenga sentido como hora. Por ejemplo, '101112' se entiende como '10:11:12', pero '109712' es ilegal (no tiene una parte de minutos correcta) y pasa a ser '00:00:00'.
ttp://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/comparison-operators.html
Si uno de los argumentos es una columna TIMESTAMP o DATETIME y el otro argumento es una constante, la constante se convierte en timestamp antes de realizar la comparación. Esto se hace para acercarse al comportamiento de ODBC. Esto no se hace para argumentos en IN()!
Para estar seguro, siempre use cadenas completas de fechas/horas al hacer comparaciones.