Ah, no me acordaba que habia que habilitarlo a mano...
El mejor método es usar
a2enmod:
Código:
# Para habilitarlo
a2enmod php5
#Para deshabilitarlo
a2dismod php5
Lo mismo para los sitios (usa el mismo esquema) y se pueden habilitar con
a2ensite y
a2dissite.
Igual tu método a mano es válido.
Saludos.