Quizás sea porque algunos subtotales aún estén vacíos al llamar a la función. Prueba así:
Código PHP:
for (sumas=1; sumas<=indice; sumas++)
{
if (document.getElementById("subtotal" + sumas).value != "") {
sbttl += parseInt(document.getElementById("subtotal" + sumas).value);
}
}
En ese caso lo que hacemos es solo sumar los campos no vacíos.