me imagino que cuando tu profesor dice que Windows no es un SO se refiere con cierta razón a Win3.1/95/98, no recuerdo si WinMe también, pero no a WinXP, esto porque si revisamos un poco la historia tenemos...
aparece el Sistema Operativo DOS
Microsoft compra DOS que pasa a llamarse MSDOS
sobre este sistema operativo Microsoft introduce el entorno gráfico y lo llama Windows sacando al mercado el Win3.1/3.11
posteriormente aparece Windows95/98, ambos con un entorno gráfico mejorado, pero siendo solo un Entorno Operativo porque en realidad siguen corriendo sobre un SO MSDOS.
ahora a la par de Win3.1 aparece el Windows NT 3.1 (WorkStation/Server), luego con el Win95/98 el NT4.0 (WS/Server), con el WinMe aparece el Win2000 (Pro/Server) y finalmente se unieron ambos y aparece el WinXP (Home/Pro), un SO orientado tanto al usuario de casa como al de empresa con una apariencia mas amigable pero manteniendo la seguridad NT, esta no tiene version servidor, para esto aparece el Win2003 Server, bueno para no hacerla mas larga, no se exactamente en que momento, si desde el primer WinNT 3.1 o después, pero en algún momento se dejo de usar el MSDOS como sistema operativo base, en todo caso el WinXP y el nuevo WinVista si son SO.
Ahora si tu profesor dice que son unos inútiles por usar solo el ratón y no hacer todo con comandos, pues te diré que esta forma de pensar era mas o menos usual hace 10 años atrás, de esa época a la fecha a pasado mucha agua bajo el puente, obviamente tu profesor no ha visto las ultimas distribuciones Linux como el Ubuntu que tiene un entorno gráfico que no tiene nada que envidiarle a WinXP
.
La diferencia entre un Win98 y un WinXP...
puedes revisar esto...
http://es.wikipedia.org/wiki/NTFS