Entonces, las variables en realidad no serían 13 sino serían de un número indeterminado, ¿es así?.
En ese caso lo único que necesitas hacer es un bucle en PHP para que vaya devolviendo los valores en variables distintas con un respectivo número, por ejemplo:
Código PHP:
var jscodigo<?php echo $i ?> = <?php echo $phpcodigo[$i] ?>;
En ese caso se supone que i se vaya incrementando y que las variables PHP están en un array, ¿era algo así lo que querías?