Prueba este pequeño ejemplo como página secundaria:
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function cerrar(){
opener.location = "paginaPrincipal.htm";
close();
}
</script>
</head>
<body>
<input type="button" value="Cerrar" onclick="cerrar()">
</body>
</html>
Saludos.