Bueno, si entendí lo que quieres hacer es que cada vez que encuentre un punto tarde más en volver a escribir, prueba con esto:
Código PHP:
var i=0;
var m=mensaje.split('');
function inicio(){
if (i>=m.length-1) return;
document.getElementById('pp').innerHTML+=m[i];
if (m[i] != ".") {
setTimeout("inicio()", pausa)
} else {
setTimeout("inicio()", pausa * 3)
}
i++;
}