Simplemente en ambos casos iniciá con índice cero las opciones. Ejemplo:
Código PHP:
document.forms.clasificados.subcategoria.options[0]=opcion1;//[0] en vez de [1]
document.forms.clasificados.subcategoria.options[1]=opcion2;//[1] en vez de [2]
document.forms.clasificados.subcategoria.options[2]=opcion3;
document.forms.clasificados.subcategoria.options[3]=opcion4;
document.forms.clasificados.subcategoria.options[4]=opcion5;