Cita:
Iniciado por alvlin 
conexion.php debe tener algo de texto antes o después de la etiqueta de PHP (una línea, un espacio es suficiente)
Fijate bien y eliminá cualquier espacio o línea nueva antes de <?php y después de ?>
Saludos.
Que raro, era justamente eso, sólo que yo suponia que donde no podia haber espacios era sólo al comienzo del codigo de FPDF y no en este caso que era un espacio al final del archivo conexion.php que va casi metido a través del require casi en medio del codigo, pero ha funcionado y
se agrace un montón por la ayuda.