Explorer no toma bien los saltos, de manera que hay que ensuciar el código, reemplazando los saltos por un caracter cualquiera (_, en este ejemplo):
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
<script>
var mensaje='esto es un ejemplo_esto es un ejemplo_esto es un ejemplo_esto es un ejemplo_',pausa=300;
function inicio(){
var i=0;
var m=mensaje.split('');
var t=setInterval(
function(){
if(i>=m.length-1)clearInterval(t);
if(m[i]=='_')m[i]='<BR>';
document.getElementById('pp').innerHTML+=m[i];i++;
},pausa
);
}
window.onload=inicio;
</script>
</head>
<body>
<div id="pp"></div>
</body>
</html>
De manera que ya es lo mismo usar o no pre.