El id debe ser único, así que el código del bucle sería:
Código PHP:
var indice=4;
for (num=0; num<indice;num++)
{
document.write("<input type='text' id='codigo"+num+"'>");
document.write("<input type='text' id='descripcion" + num + "'>");
document.write("<input type='text' id='precio" + num + "'><br>");
}
Lo que hacemos es añadir el número que tenemos en la variable num al id del campo.