No tiene ningún error, aunque si lo que quieres comprobar es que no estén vacíos debería ser:
Código PHP:
for(i=0;i<largo;i++)
{
if ((und[i].value != "") && (cant[i].value != ""))
{
alert(und[i].value+" "+cant[i].value);//un alert por fila....
}
else
{
alert("Espacio en blanco")
}
}
Fíjate que quité el carácter espacio " " que tenías en medio.