Hola como estas.
Yo no sé si esto te pueda ayudar pero la lógica de lo que quieres hacer seria a la inversa.
Lo primero que tendría que hacer tu instalador es instalar el servidor que incluya, php y mysql, lo siguiente seria el paso de la aplicación cliente, muy bien podrías generar un .exe de la aplicación usando adobe air.
Para el instalador usa SETUP FACTORY 8 es muy bueno intuitivo y te va a llevar a seguir esos procedimientos que necesitas incluso si tienes que ejecutar scripst antes de terminar las instalaciones, como por ejemplo crear un script que cree la base de datos en mysql.
Pero veo que creas aplicaciones me ayudarías en este
http://www.forosdelweb.com/f18/necesito-ayuida-no-como-hacerlo-consulta-datos-con-php-mysql-617315/
