la diferencia no la sé, pero sí te puedo comentar que por lo general una es un enlace simbólico a la otra.
Creo que no te va a quedar otra solución que entrar con un cd de recuperación y reinstalar desde ahí los paquetes.
Igual es raro que no te permitiera seguir usando los comandos: las bibliotecas se cargan una vez y luego se quedan en memoria, de tal forma que lo que pensabas hacer no está tan errado. Yo he eliminado temporalmente las gtk, e incluso las mismísimas glib, sin ningún problema (el "truco" está en NO reiniciar la máquina en el proceso)
La próxima vez, quizás quieras buscar en el manual de rpm la opción para no considerar las dependencias
Saludos y suerte