Cambiá la extensión del archivo .js a .php y usá código php para establecer las condiciones de la misma manera que lo harías en un archivo php que entrega una salida html. Luego, en lugar de referenciar de esta manera:
Código PHP:
<script src="algo.js"></script>
Referenciás de esta otra:
Código PHP:
<script src="algo.php"></script>
