Gracias por la respuesta David,
Finalmente he resuelto el problema, aqui os pongo la solución y una pagina que he mirado bastante util para trabajar con las propiedades de un select.
www.desarrolloweb.com/articulos/1027.php
function abrir() {
var indice=document.formSeleccionAlumnos.selectOrigen. selectedIndex;
var dni=document.formSeleccionAlumnos.selectOrigen.opt ions[indice].value;
var url="./getDatosAlumno.php?DNI="+dni;
window.open(url);
}