Para manipular la posición del popup, es mejor que lo hagas desde dentro del mismo. Algo asi:
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function centra(nWidth, nHeight){
var nPosX, nPosY;
nPosX = Math.floor((screen.width - nWidth) / 2);
nPosY = Math.floor((screen.height - nHeight) / 2);
resizeTo(nWidth , nHeight);
moveTo(nPosX, nPosY);
}
</script>
</head>
<body onload="centra(400, 200)">
PopUp centrado
</body>
</html>
Ahora, para cerrar el opener, te va a salir siempre un mensaje de confirmación el cual va a ser muy dificil de evitar. Te sugiero que diseñes en función de que "eso es asi".
Saludos.