pero si todo es probocado con virus, has intentado instalar el HDD en otro equipo, habilitando las opciones del explorador de windows
"mostrar todos los archivos ocultos y carpetas ocultas"
descheckar la casilla "ocultar extensiones para archivos conocidos"
descheckar la casilla "Ocultar archivos protegidos del sistema operativo"
si estas utilizando el NOD32 para examinar los discos duros, entra al NOD32 Scanner, y la pestaña de Configuracion. activa las opciones faltantes, para que al scanear completamente el disco en las 2 particiones, no se autoinstale el virus
en la particion secundaria, elimina las carpetas "system volume information", "RECYCLER"
al instalar de nuevo el windows, desactiva el "restaurar sistema", solo por prevencion
si en realidad fuera el HDD, la falla fuera diferente, te apareceria la pantalla azul de la muerte, o incluso se congelaria windows, aun al realizar la instalacion de windows
haz pruebas y comenta