Ronruby te cuento que creo haber solucionado el problema.
Me puse a ver comentando partes del codigo y haciendo prueba y error hasta que di con una linea que me parece haber sido la clave, no quiero cantar victoria porque ya perdi mucho tiempo con este tema.
resulta que en un link de un boton de un menu que tengo en una de las paginas que incluyo en la portada con require_once decia cerrar sesion y estaba codificado de la siguiente forma
<a href="<?php session_destroy();?>">
Cerrar Sesión
</a>
Yo crei desde un principio que este codigo solo se ejecutaria al instanciar el href osea al darle un click, pero parece que cuando leia esta linea me destruia la session que tenia creada. borre este href y parece haber solucionado el tema