Creo que aca la pregunta tiene que ver más con programación que con bases de datos...
Aqui naturalmente la variable $registro['Codigo'] va a traer los codigos que encuentre segun el resultado de la consulta a la Base de datos. Esto porque cada vez que se hace:
while ($registro = mysql_fetch_array($tabla2))
se cambia la variable $registro, con la siguiente linea o registro encontrado
Si necesitas guardar todos los codigos, puedes utilizar otro arreglo '$listaCodigos'
Por ejemplo algo asi: (los puntos suspensivos es para el resto de codigo que tu tienes... )
Código PHP:
$listaCodigos = array();
while ($registro = mysql_fetch_array($tabla2)) {
$listaCodigos[] = $registro['Codigo'];
.....
}
De esta forma en $listaCodigos[0] quedara el primer codigo, en $listaCodigos[1] quedara el segundo, y asi sucesivamente...