Enom.com es el primer reseller de dominios a nivel mundial.
Y ofrece una API con integración total con WHMCS como puedes ver en este enlace
http://wiki.whmcs.com/Enom
Esto te permite que tus clientes puedan gestionar sus propios dominios desde la aplicación.
Mi consejo es que te busques un revendedor de Enom.
Un saludo!!