si probaste lo último que dije, es normal que rechace avi. Si lo que querias era solo dejar pasar avi y mov prueba asi:
Código PHP:
$archivo=$_FILES['video']['name'];
$validar=strrev($archivo);
$validar=substr($validar,0,3);
$validar=strrev($validar);
if(strcmp($validar,"avi")!=0 || strcmp($validar,"mov")!=0 )
{
echo "error";exit;
}