problema con z-index y capas en ie

[Mikmoro]

Hazlo así:

<div style="position:relative;width:100%;background-color:#0099FF;z-index:2"><br />capa 1 azul<br />
<div style="position:absolute;width:100px;background-color:#99cc66;border:1px solid black;"><br />capa 1 verde<br /><br /><br /><br /></div>
</div><br /><br /><br /><br />
<div style="position:relative;width:100%;background-color:#0099FF;z-index:1"><br />capa 2 azul<br />
<div style="position:absolute;width:100px;background-color:#99cc66;border:1px solid black;"><br />capa 2 verde<br /><br /><br /><br /></div>
</div>

Es poco recomendable diseñar así, con los estilos en las etiquetas, pero bueno, esa era tu duda y esta es la solución.