Hola cornmoster,
No puedes usar el atributo src="" y dentro de el javascript, tiene que ser por aparte:
Código:
<script src="prototype.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript">
Event.observe( window, 'load', function() {
new Ajax.PeriodicalUpdater('contenido', 'inbox.jsp' , { frequency:15} );
} );
</script>
Saludos.