Si puedes arrancar con diskette con win98 o winme, puedes usar el debug y con esta configuracion borra todas las particiones del disco y lo dejas como de fabrica:
en cada linea le das ENTER key
ejecutas DEBUG
A 100
INT 13
ENTER key
RAX
0301
RBX
0200
F 200 L 200 0
RCX
0001
RDX
0080 Si tienes mas de 1 disco y el que quieres borrar es el secundario 0081
P
Al terminar te arroja una informacion, si todo lo pones corecto el disco ya esta borrado
Si no tiernes discos de arranque me dices y te mando un programa que te genera discos de arranque
Espero te sirva esta info
