la verdad no se que tan bien pueda funcionar pero tienes un par de errores, no te debes referir al nombre con los corchetes
Código:
function recargar_tags(){
var x = document.getElementById('tag_re').value;
new Ajax.Updater('capa_tags','tags.php',{parameters: {'nuevo_tag':x,'seleccionados' : $$('input[name="tag"]:checked').pluck('value') }});
}
Intentalo asi a ver