Gracias a todos por sus valiosísimas respuestas.
Al final lo solucioné de esta manera:
Código PHP:
if(!empty($nombre_participante1)) {
$querys .= ", ('$nombre_union', '$nombre_participante1', '$puesto1', '$nombre_acompanante1', '$importe_deposito', '$fecha_ficha_deposito', '$hora_ficha_deposito', '$importe_transferencia', '$fecha_transferencia', '$cuenta_origen', '$referencia_numerica', '$folio_interbancario', '$folio_internet', '$calle', '$numero_interior', '$colonia', '$ciudad', '$estado', '$codigo_postal', '$telefono', '$fax', '$email', '$email_union', '$rfc_union')";
} if(!empty($nombre_participante2)) {
$querys .= ", ('$nombre_union', '$nombre_participante2', '$puesto2', '$nombre_acompanante2', '$importe_deposito', '$fecha_ficha_deposito', '$hora_ficha_deposito', '$importe_transferencia', '$fecha_transferencia', '$cuenta_origen', '$referencia_numerica', '$folio_interbancario', '$folio_internet', '$calle', '$numero_interior', '$colonia', '$ciudad', '$estado', '$codigo_postal', '$telefono', '$fax', '$email', '$email_union', '$rfc_union')";
} if(!empty($nombre_participante3)) {
$querys .= ", ('$nombre_union', '$nombre_participante3', '$puesto3', '$nombre_acompanante3', '$importe_deposito', '$fecha_ficha_deposito', '$hora_ficha_deposito', '$importe_transferencia', '$fecha_transferencia', '$cuenta_origen', '$referencia_numerica', '$folio_interbancario', '$folio_internet', '$calle', '$numero_interior', '$colonia', '$ciudad', '$estado', '$codigo_postal', '$telefono', '$fax', '$email', '$email_union', '$rfc_union')";
} if(!empty($nombre_participante4)) {
$querys .= ", ('$nombre_union', '$nombre_participante4', '$puesto4', '$nombre_acompanante4', '$importe_deposito', '$fecha_ficha_deposito', '$hora_ficha_deposito', '$importe_transferencia', '$fecha_transferencia', '$cuenta_origen', '$referencia_numerica', '$folio_interbancario', '$folio_internet', '$calle', '$numero_interior', '$colonia', '$ciudad', '$estado', '$codigo_postal', '$telefono', '$fax', '$email', '$email_union', '$rfc_union')";
}
Sé que esa no es la forma más elegante de hacerlo, pero nunca pude-supe poner la validación dentro de un ciclo FOR, para ahorrarme la cantidad exagerada de código repetitivo.
Si alguien sabe cómo hacerlo, le agradecería mucho un ejemplo, me ayudará a hacer código más limpio y sencillo en el futuro.
Saludos.