Bueno, deberás explorar un poco con el loop de wordpress y la jerarquía del mismo, me explico:
http://codex.wordpress.org/images/1/..._Hierarchy.png
Ese es el gráfico que define la jerarquía en Wordpress, como puedes ver, puedes tener una págin allamada category-6.php y esta te mostrará los posts de esta categoría, y en el home debes decir que no te muestre las de esa categoría.
No es muy versatil, ya que debes manipular código PHP, no se puede controlar eso a la hora de postear.
Yo te recomendaría que si puedes definir previamente tu estructura de categorías y no tienes problemas con PHP básico hagas tu sistema con wordpress, lo podrás adaptar a tu necesidad, y aqui te podemos ayudar.
Si no te quieres meter con código, mejor trabaja con Joomla!, o alguno similar.
Si te interesa la primera opción y tienes conocimientos básicos de PHP nos cuentas y te ayudamos.