Reescribo para dejar la solución:
Simplemente con colocar un archivo php.ini dentro de la carpeta donde estaba el script que subiria el archivo fue suficiente para resolver el problema.
El archivo php.ini tiene dentro de sí:
Cita: upload_max_filesize = 100M
post_max_size = 100M
max_execution_time 1000
max_input_time 1000
Esos datos pueden ser modificados según las necesidades. Esto solo funciona si tu servidotr php fue instalado como CGI, pro eso lo de .htaccess no servia.
Me gustaría dejar una colaboración en FAQ para upload de archivos grandes, como puedo hacerlo? Eso nsería lo unico que me faltaria por hacer para cerrar el tema y dejar mi granito de arena.