Hmmm... no sé exactamente, pero seguro que el comando RENAME estará involucrado. Quizás con FIND puedas encontrar todos los archivos que contengan la cadena HTTP y no HTTPS, y volcar el listado de la ruta completa de dichos archivos a un archivo de texto. O quizás bastaría con que listara todos los directorios existentes dentro del directorio raíz. Luego, mediante RENAME podrías montar un script que fuera leyendo línea por línea, y sustituyendo HTTP por HTTPS tanto en archivos como en directorios.
Si lo haces, por favor, compártelo.