Hola SergeMedina,
Aunque tu uses conexiones persistentes, lo unico que diferencia con las normales es que estas no se cierran al final, sin embargo las tablas temporales que crees sí se destruyen al finalizar el script, te recomiendo le des una leida a esto:
http://www.php.net/manual/en/feature...onnections.php
Saludos.