Hola!
Si lo que quieres es hacerlo con código VB6.0, o haces que el programa se auto-registre cada vez que se arranque, con lo que no lo harías desde el instalador, o tendrías que escribirte el instalador en VB partiendo de cero (o casi, si encuentras algo en internet
).
Con el instalador de Visual Studio creo que no se puede hacer lo que quieres, ya que no admite el uso de scripts ni guarda variables con los valores que elige el usuario. Te recomiendo que crees el instalador con alguna alternativa, como Inno Setup (es el que yo utilizo) u otro de los que los compañeros han ido proponiendo en el foro.