En cuanto a indexación y optimización es mejor utilizar /seccion/ (de caras a fuera), es decir, puedes utilizar seccion.php pero modificando la URL para que quede /seccion/.
Yo normalmente utilizo solo un index, al que voy añadiendo módulos, acciones, subacciones... y después lo modifico con el modrewrite, para que quede del tipo
http://www.midominio.com/noticias/de...dal_num_1.html siendo totalmente dinámico.