Si quieres mi consejo, cierra y abre el PHP para que lo lea como HTML (sin echo):
Código PHP:
<?
//codigo PHP
//blabla
//Cierro PHP:
?>
<td>
<select name='<?="indisciplinas[".$i."]"?>' id='<?="indisciplinas".$i?>'>
<option value='3' <?if (!(strcmp(3, $row[indisciplinas]))) {?>selected="selected'' <? } ?>> Excelente</option>
<option value='2' <? if (!(strcmp(2, $row[indisciplinas]))) {?>selected="selected'' <?}?>> Bueno</option>
<option value='1' <? if (!(strcmp(1, $row[indisciplinas]))) {?>selected="selected'' <?}?>> Regular</option>
<option value='0' <? if (!(strcmp(0, $row[indisciplinas]))) { ?>selected="selected'' <?}?>> Malo</option>
</select>
</td>
<? //Abro PHP otra vez... ?>
Solo he abierto PHP por cada variable o condicional. Espero te sirva
