Eso pasa porque pones literalmente en la base de datos cuantas noticias lleva el usuario hasta ese momento. Si quieres saber el numero de mensaje reales de cada usuario solo tienes que hacer un query de todos sus mensajes:
SELECT * FROM mensajes WHERE id_usuario_mensaje = id_usuario
Despues, cuando haces el query, puedes sacar el numero de mensaje de ese usuario asi:
Código PHP:
$numero_total _mensajes = mysql_num_rows($query_mensajes);
$numero_total _mensajes serán los mensajes reales que tiene el usuario ya que es una cuenta hecha al momento.