hola, para este tipo de cosas te recomendaria que trabajaras con STORED PROCEDURES, en la web hay muchos tutos y manuales de como trabajar con procedimientos almacenados, y la verdad te serian mas comodo trabajar con stored procedures desde .NET.
Solamente teniendo referenciada en tu proyecto la libreria de MySql para conexion a BD puedes mandar a ejecutar un SP con una variable MySqlCommand.
Saludos
