Lo único que debes encerrar entre
<?php y
?> es código PHP válido, si pones HTML o Javascript directamente, te va a dar error.
Ejemplo:
Código PHP:
<?php
// Aquí el código para iniciar sesión
?>
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
// Aquí el código del javascript
</script>
</head>
<body>
<!-- Aquí el código HTML de tu página -->
</body>
</html>