Hola!
Ese tipo de lectores son, digámoslo así, como un añadido al teclado, interpretan el código de barras como pulsaciones de teclas, por lo que no se puede seleccionar en qué control se van a insertar los datos.
Con un teclado ordinario sucede lo mismo; no puedes saber en qué TextBox (por ejemplo) está el foco cuando empiezas a teclear... a todos nos ha pasado que hemos empezado a darle alguna vez a las teclas y no escribíamos nada, ¿verdad?
En mi trabajo tengo uno de estos lectores, va por ps2 y se conecta mediante un cable en Y que se enchufa al ordenador por un extremo y a la pistola y al teclado por los otros dos.
Tambien tenemos unos teclados que leen bandas magnéticas, y se comportan igual; sólo llevan un conector, pero al pasar una tarjeta, te devuelve los datos como pulsaciones de teclas.
La única solución consistiría en imprimir los códigos de barras con unos caracteres previos que la aplicación interprete, pero eso invalidaría los códigos para otros usos. Por ejemplo, si el código devuelve "T01Prueba", el programa puede interpretar que "T01" significa que lleve el foco a un TextBox determinado y que ahí inserte el texto "Prueba".
Por supuesto, necesitarías adicionalmente un medio de imprimirte tus propios códigos de barras...