Básicamente, lo que hacen librerías como swfObject es reescribir el innerHTML de una capa. El procedimiento sirve, sólo hay que reescribir el object y embed del player en su estado inicial. Colocá vos el/los fragmento/s relevante/s de tu código y te mostramos cómo hacerlo.
En este enlace tenés un ejemplo de cómo, al cambiar las solapas, aunque el video esté reproduciéndose, modificando el innerHTML al estado inicial todo funciona como se espera:
http://www.disegnocentell.com.ar/eni...nie_v1.01.html