.... intentaré ser breve y claro.
Una "página web" la hace el HTML y no más. HTML no es un lenguaje de programación, es un lenguaje de etiquetado que indica qué son "x" cosa dentro de una página (enlaces, imágenes, texto, listas, etc, etc, etc).
JavaScript es un lenguaje de programación que se ejecuta en el cliente (osea, el navegador lo interpreta). Este se encuentra embebido en el HTML de la página Web y, básicamente, le da cierto dinamismo a dicho HTML.
PHP es un lenguaje del lado del servidor, osea, la máquina donde se almacena "la página". PHP no hace "páginas web", solo procesa información y entrega "algo" al navegador. Ese "algo" en general es HTML, sin embargo puede ser muchas otras cosas que el navegador entienda (JavaScript, por ejemplo).
Cuando tecleas una URL el navegador hace la petición al servidor por el recurso que hayas pedido. En tu idea será un archivo PHP, el servidor ejecutará el intérprete PHP y entregará el resultado de ese script al navegador, usualmente HTML (la "página web") con JS o lo que corresponda. Entonces el navegador interpretará esa información.
Necesitas leer/estudiar más. Saludos
